La Réforme et l’époque bernoise

Lors de la Réforme, en 1536, le couvent est sécularisé et les moines sont priés de quitter les lieux.

Durant les XVI^e et XVII^e siècles, l’Abbatiale sert de fonderie de cloches. Les trois cloches de l’Abbatiale, ainsi que la petite cloche de la Maison des Régents (ancienne école) ont très probablement été fondues dans l’église.

Au XVII^e siècle, l’Abbatiale est transformée par les Bernois qui y installent des planchers intermédiaires. Elle sert alors d’entrepôt.